Helsingforsalliansen leds av en styrgrupp som består av rektorerna (eller prorektor) för högskolorna och tre externa medlemmar. Det operativa arbetet leds av en koordineringsgrupp som förhandlar och förbereder nya samarbetsförslag för styrgruppen. Alliansens sekretariat består av en heltidsantälld koordinator, som verkar som styrgruppens sekretarare och medlem i koordineringsgruppen och i övriga samarbetgrupper. Sekretariatet är placerat på Hanken Svenska handelshögskolan.
Styrgruppen sammanträder ca fyra gånger per år för att dra upp riktlinjerna för samarbetet och ta ställning till frågor gällande arbetsfördeling, synergier och samarbetsmöjligheter. Styrgruppen består av allianshögskolornas rektorer (eller prorektor) och tre externa medlemmar. Styrgruppen sammansättning år 2009-2011 är:
Helsingforsalliansen koordineringsgruppen fungerar som ett beredande organ för stygruppen. Koordineringsgruppens uppgift är att förhandla om och bereda samarbetsförslag för styrgruppen. Koordineringsgruppen består av en represenant per medlemshögskola och allianskoordinatorn. Koordineringsgruppen tillsattes hösten 2010 och ersätter den tidigare strukturen med kontaktpersoner vid högskolorna. Koordineringsgruppens sammansättning är:
Helsingforsalliansens konkreta samarbetsprojekt förverkligas genom tillsatta samarbetsgrupper med representanter från allianshögskolorna.
Helsingforsalliansens sekretariat finns på Hanken Svenska Handelshögskolan och består av en heltidsanställd koordinator.